Update: 将子项目从 submodule 转为完整内容

- 移除 GovAI, nomifun-tauri, 算力盒子 的 submodule 引用
- 添加所有子项目的完整源代码
- 保留原始 .git 为 .git.bak 备份

nomifun-tauri/docs/architecture/agent-engine.zh.md

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+# Agent 引擎
+
+Agent 引擎位于 [`crates/agent/`](../../crates/agent/)，后端主要通过
+[`nomifun-ai-agent`](../../crates/backend/nomifun-ai-agent/) 消费它。本页是
+当前 workspace 的实现地图，不再是抽离独立仓库的计划。
+
+## Crate 地图
+
+| Crate | 职责 |
+| --- | --- |
+| `nomi-types` | Provider 无关的消息、工具类型、压缩类型、文件状态、skill 类型与 spawner 类型。 |
+| `nomi-protocol` | Host/agent 命令与事件协议，以及工具审批状态。 |
+| `nomi-compact` | 上下文压缩与消息窗口整理。 |
+| `nomi-config` | 运行时、provider、profile、auth 配置。 |
+| `nomi-providers` | Anthropic、OpenAI-compatible、Bedrock、Vertex，以及共享的流式、重试、provider 逻辑。 |
+| `nomi-tools` | 内置工具与工具注册表原语。 |
+| `nomi-mcp` | MCP client、manager、transports 与工具代理。 |
+| `nomi-skills` | Skill 发现、frontmatter、加载与 skill-index 支持。 |
+| `nomi-memory` | 记忆存储与检索原语。 |
+| `nomi-agent` | 核心 engine loop、session、压缩粘合、confirmations、output sinks、skill tool、requirement tools 与 subagent spawning。 |
+| `nomi-cli` | 使用同一引擎的独立 `nomi` CLI。 |
+| `nomi-computer` | 桌面 computer-use 工具实现。 |
+| `nomi-a11y` | computer-use 流程使用的 accessibility helper。 |
+| `nomi-browser-engine` | 自托管 browser/CDP 自动化引擎。 |
+| `nomi-browser` | Browser-use 工具 facade。 |
+
+Agent crates 不依赖 `nomifun-*` 后端 crate。常规的后端到 agent 集成通过
+`nomifun-ai-agent` 进入；`nomifun-app` 与 `nomifun-gateway` 中 feature-gated
+的桥接面会直接依赖 browser/computer-use crate，以便把这些能力暴露为 stdio
+或公开工具。
+
+## Runtime Families
+
+NomiFun 支持几类运行时：
+
+- **Nomi engine**：来自 `nomi-agent` 的仓内引擎，带 provider、内置工具、
+  skills、MCP、memory、browser 与 computer-use 支持。
+- **ACP-style CLI agents**：Claude Code、Codex、Gemini CLI、Qwen/OpenCode
+  风格集成及相关 CLI，由 `nomifun-ai-agent` 管理。
+- **Remote/Open capability surfaces**：外部 agent 通过 companion-token 认证的
+  `/mcp`、`/mcp-agent` 或 `/v1` 入口连接。
+
+Factory 行为的源码真相来源：
+
+- `crates/backend/nomifun-ai-agent/src/factory/nomi.rs`
+- `crates/backend/nomifun-ai-agent/src/factory/acp.rs`
+- `crates/backend/nomifun-ai-agent/src/factory/acp_assembler.rs`
+
+## MCP 与工具注入
+
+MCP / tool 可用性按运行时与 session 组装，不是一张全局扁平列表。
+
+常见来源包括：
+
+- 来自 `nomifun-mcp` 的用户配置 MCP server 行；
+- AutoWork 需要时注入的 requirement declaration tools；
+- session 绑定知识库时注入的 scoped knowledge search；
+- 带 desktop-gateway 权限的 session 使用的 Desktop Gateway tools；
+- Windows/open helper bridge；
+- feature-gated computer-use 与 browser-use stdio bridges；
+- runtime-native skills 或 first-message skill injection；
+- Nomi 原生工具注册表。
+
+记录工具可用性时应引用上面的 factory 文件，不要假设所有 agent 都拿到同一组
+injected servers。
+
+## Skills
+
+Skills 是 instruction/tool bundle，其物化方式取决于运行时能力：
+
+- Nomi 在引擎内有真实的 `Skill` tool 路径。
+- Native CLI 运行时可能接收 symlink/copy 出来的 skill 文件，或在支持较弱时接收
+  first-message guidance。
+- Custom workspace 或非 native 路径可以收到 first-message skill index 摘要。
+
+相关源码：
+
+- `crates/backend/nomifun-extension/src/skill_service.rs`
+- `crates/backend/nomifun-ai-agent/src/capability/skill_manager/mod.rs`
+- `crates/backend/nomifun-ai-agent/src/capability/first_message_injector.rs`
+- `crates/agent/nomi-agent/src/skill_tool.rs`
+
+## Session Flow
+
+```text
+UI request
+  -> nomifun-conversation route/service
+  -> nomifun-ai-agent AgentService / WorkerTaskManager
+  -> runtime family factory
+  -> Nomi engine or external CLI process
+  -> AgentStreamEvent
+  -> nomifun-realtime /ws
+  -> renderer stream handlers
+```
+
+Nomi-engine session 在进程内运行。ACP-style session 会 spawn 并管理子 CLI。
+公开 remote capability 调用通过 `nomifun-public` 与 Desktop Gateway registry
+进入，而不是通过 conversation HTTP route。
+
+## Design Notes
+
+旧 specs 会把 agent 层描述为“可机械抽离”并只列 11 个 crates。那些文件属于
+历史资料。当前代码仍保持强边界，但 browser/computer bridge 与 public gateway
+surfaces 意味着真实规则是“主接缝 + 明确记录的 feature-gated exceptions”。